《我当摸金校尉的那些年》的结局是：石秀成功地完成了他的使命，将钱青率领的叛军击败，保卫了皇室的安定。石秀被封为“摸金校尉”，成为一名英雄，他的两个儿子也都成为高官，家庭幸福美满。石秀的妻子费慧也在石秀的帮助下，成功地完成了自己的学业，并成为一名著名的医生。

最后，石秀在晚年仍然忠心耿耿，不忘初心，为国家和人民做出了巨大的贡献，被尊为“摸金校尉”，永远载入史册。